中國科學院上海生命科學研究院植物生理生態研究所系由原中科院上海植物生理研究所與原中科院上海昆蟲研究所於1999整合而成。研究所瞄準植物、微生物和昆蟲的重要生理過程及其相互作用的科學前沿，面向我國可持續農業、生態環境、生物能源及生物製造的重大戰略需求，開展原創性、系統性的基礎和套用基礎研究。研究所的發展目標是在水稻高產優質的分子生理與遺傳基礎、植物逆境生理和抗性改良生物技術、微生物代謝的系統生學研及人造生命體系的合成等三個領域取得重大突破；在植物、昆蟲和微生物重要性狀形成的功能基因組學、植物和昆蟲發育過程的精細調控、植物、昆蟲和微生物代謝產物的合成途徑和人工合成、作物抗蟲、抗病和抗逆的基因調控、先進生物技術等領域的研究取得實質性的進展；在農業分子育種和工業生物技術等套用技術上掌握一批核心自主智慧財產權， 使我所在綜合實力上進入國際一流研究所的行列。

2010-2011年，共發表科研論文160餘篇，在Nature Genetics、Science 、PNAS 、Plant Cell 、PLoS Genetics等國際一流學術期刊上發表論文13篇，相關成果獲得授權專利23項，1個作物新品種獲得新品種權保護。